À l’Assemblée Générale extraordinaire du 19 Juin 1960 le Bureau National a été largement soutenu par les adhérents U.N.E.F. pour son engagement politique, en particulier vis à vis de la guerre d’Algérie, de plus en plus affirmé. Ce soutien est confirmé par les résultats des élections des différentes Associations Générales d’Étudiants de Novembre et Décembre 1960.

Les étudiants algériens de Bordeaux et de France ont décidé 4 jours de grève des cours pour protester contre les récents évènements d’Algérie. L’Association Générale des Étudiants de Bordeaux y voit une raison de souligner la position de l’U.N.E.F. qui a renoué le dialogue avec l’U.G.E.M.A.(Union Générale des Etudiants Musulmans Algériens),  et réclame le droit à l’autodétermination du peuple algérien et la reprise des négociations avec le Gouvernement Provisoire de la République Algérienne (GPRA).

L’UNEF et l’UGE (Union des Grandes Écoles) ont organisé un colloque à Royaumont les 11,12 et 13 Novembre 1960, rassemblant une centaine d’industriels, de fonctionnaires, et d’universitaires. Ils étaient invités à s’interroger sur « l’adaptation de l’enseignement supérieur aux besoins de l’Économie Nationale « . Des solutions restent à trouver et il semble important que les professeurs et les étudiants fassent preuve d’invention pour réformer les structures qui freinent l’adaptation nécessaire de l’Université.

Le congrès de Lyon, en avril 1960, a voté une motion demandant des négociations avec le F.L.N sur les conditions d’un cessez-le-feu en Algérie ; il a appelé à prendre toutes les mesures susceptibles de favoriser la réconciliation des étudiants français et des étudiants algériens. Sur ces bases, en avril, le Bureau Gaudez a repris les relations avec L’U.G.E.M.A., et signé un communiqué commun. L’assemblée générale de novembre 1960 fait le point sur cette initiative.