L’Assemblée Générale Extraordinaire du 19 juin 1960, approuvent les décisions du Bureau National par 662 mandats contre 112 et 35 abstentions. Le Bureau National a reçu par cette Assemblée Générale une seconde investiture. Les débats ont été centrés essentiellement autour de la reprise, largement approuvée, des relations avec l’UGEMA (Union Générale des Étudiants Musulmans Algériens).

Suite au rapprochement de l’U.N.E.F. avec les associations d’étudiants d’outre-mer, dont l’Union Générale des Étudiants Musulmans Algériens (U.G.E.M.A.) les réactions des milieux gouvernementaux et de la droite sont brutales. Outre les accusations calomnieuses de la presse, le Ministre de l’Éducation Nationale supprime la subvention de fonctionnement de 8 millions d’anciens francs allouée à l’U.N.E.F. (Extrait Analyses et Documents, 30 Juin 1960, N°7).

Le 30 mai 1960, l’U.N.E.F. et le Comité d’Entente groupant les associations d’étudiants des pays coloniaux ou anciennement colonisés, publient un communiqué annonçant leur intention de renouer leurs relations interrompues depuis 1956. Dans le même esprit, à Grenoble l’AGE organise une conférence de presse intersyndicale, en faveur de l’autodétermination et de la négociation pour la paix en Algérie et un meeting le 10 juin. A Nancy l’AGE participe aux côtés des organisations politiques et syndicales au « Cartel d’Action pour la Paix en Algérie ». A Paris, la Fédération des Groupes d’Études de Lettres, prévoit l’organisation d’une manifestation de masse. (Extr. Analyses et Documents N°0, 6 Juin 1960)

Pierre Gaudez, Président de l’U.N.E.F. au cours d’une conférence de presse, rappelle les orientations prises au Congrès de Lyon : action pour la Paix en Algérie, réforme de l’enseignement et revendications pour que le budget consacré à l’Éducation Nationale, à la création de logements, et à la création de postes d’enseignants, soit respecté pour faire face aux besoins croissants de l’éducation.

Le 49ème congrès de l’U.N.E.F. est marqué par la question algérienne qui conditionne la plupart des points abordés. Après trois ans et demi de luttes internes entre les tendances corporatistes apolitiques et les tendances minoritaires favorables à la reprise de dialogue avec les étudiants représentés par l’UGEMA, l’U.N.E.F. apparaît comme une force syndicale qui n’hésite pas à prendre position. Pierre Gaudez est élu Président. C’est Dominique Wallon qui se chargera des relations entre l’UNEF et l’UGEMA, ce qui lui vaudra d’être interdit d’entrée à l’ENA et qui donnera lieu à « l’arrêt Wallon », interdisant toute prise de position politique à un candidat souhaitant intégrer l’ENA.