Le congrès de Lyon, en avril 1960, a voté une motion demandant des négociations avec le F.L.N sur les conditions d’un cessez-le-feu en Algérie ; il a appelé à prendre toutes les mesures susceptibles de favoriser la réconciliation des étudiants français et des étudiants algériens. Sur ces bases, en avril, le Bureau Gaudez a repris les relations avec L’U.G.E.M.A., et signé un communiqué commun. L’assemblée générale de novembre 1960 fait le point sur cette initiative.
L’assemblée adopte le rapport de la commission universitaire qui se prononce sur la démocratisation de l’enseignement et l’attribution d’une allocation d’études. Le colloque de Royaumont sur l’adaptation de l’enseignement aux besoins de l’économie a permis d’envisager la mise en place de commissions réunissant des représentants des secteurs économiques, de l’université, et des syndicats. Le recrutement des enseignants et le cas particulier des Ipésiens, ont été également abordés lors de cette commission universitaire. La « promotion supérieure du travail » définie plus communément sous l’appellation « formation continue »a fait l’objet d’un point particulier.
L’assemblée aborde notamment la préparation du colloque prévu à Royaumont les 11, 12 et 13 novembre dont le thème sera “L’adaptation de l’enseignement supérieur aux besoins de l’économie ». Quatre questions seront à l’ordre du jour : orientation des étudiants, esprit et structures de l’enseignement supérieur, participation des secteurs économiques aux programmes et aux structures de l’enseignement, stages.
L’Assemblée Générale Extraordinaire du 19 juin 1960, approuvent les décisions du Bureau National par 662 mandats contre 112 et 35 abstentions. Le Bureau National a reçu par cette Assemblée Générale une seconde investiture. Les débats ont été centrés essentiellement autour de la reprise, largement approuvée, des relations avec l’UGEMA (Union Générale des Étudiants Musulmans Algériens).
Suite au rapprochement de l’U.N.E.F. avec les associations d’étudiants d’outre-mer, dont l’Union Générale des Étudiants Musulmans Algériens (U.G.E.M.A.) les réactions des milieux gouvernementaux et de la droite sont brutales. Outre les accusations calomnieuses de la presse, le Ministre de l’Éducation Nationale supprime la subvention de fonctionnement de 8 millions d’anciens francs allouée à l’U.N.E.F. (Extrait Analyses et Documents, 30 Juin 1960, N°7).